1659 Die Kirche wurde um 20 Fuss verlängert. Auf der Westempore wurde eine neue Orgel errichtet. 1766 Victor Ferdinand und Carl Josef Maria Bossart bauten eine neue Orgel mit 12 Registern auf einem Manual und Pedal. Die bisherige Orgel wurde nach >Auw AG verkauft. 1777 Der schlechte Zustand der Orgel erforderte eine Generalrevision durch Carl Josef Maria Bossart. 1789 Bau einer neuen Chororgel durch Franz Joseph Otter, Solothurn. 1840 Franz Xaver Bloch von Aesch BL führte verschiedene Reparaturen an der Hauptorgel aus. 1876 Nach einer vorübergehenden Schliessung des Klosters von 1841 bis 1843 wird das Kloster nochmals aufgehoben. 1878 Die verbleibenden Benediktinerinnen kaufen das Klostergebäude zurück. 1895 Neue Orgel von einem unbekannten Orgelbauer. Vom alten Instrument wurde das Wappen der Äbtissin von Segesser beibehalten. 1973 Durch eine Verfassungsänderung der Bundesverfassung erhielt das Kloster die volle Existenzberechtigung zurück und somit die Möglichkeit, wieder Novizinnen aufzunehmen. 1976 Neue Orgel der Firma Kuhn, Männedorf, 16 Registern auf 2 Manualen und Pedal. Der Orgelprospekt und Teile des Gehäuses gehen zurück auf die Vorgängerorgeln.